1. 膨潤後のストリップゲルから余分の液を除き、等電点電気泳動用の装置にセットする。
2. Milli-Q 水で湿らせた電極濾紙を陽極側に、5 mg/ml dithiothreitolで湿らせた電極濾紙を陰極側にセットする。
3. サンプル濾紙にタンパク質抽出液をしみ込ませ、陰極濾紙の近くにセットする。
4. 白金電極をセットし低粘度のシリコンオイルで全体をカバーした後、下記のプログラムで通電する。

長さが 18 cm で pHk勾配が 3-10 あるいは 4-7 の場合の通電プログラム
（それ以外の条件は、パソコンのサイトをご覧下さい）
Step-1 ：500 V で２時間
Step-2 ：700 V で１時間
Step-3 ：1000 V で１時間
Step-4 ：1500 V で１時間
Step-5 ：2000 V で１時間
Step-6 ：2500 V で１時間
Step-7 ：3000 V で１時間
Step-8 ：3500 V で１時間